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systems biology

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La biologie des systèmes explore comment les composants d'un organisme interagissent pour créer des comportements complexes, passant de l'étude isolée des gènes à une vision globale du vivant. Cette approche multidisciplinaire révèle les réseaux invisibles qui régulent la santé et la maladie, transformant notre compréhension fondamentale de la biologie.

Sur Gist.Science, nous parcourons quotidiennement bioRxiv pour repérer les tout nouveaux prépublications dans ce domaine. Pour chaque article, nous produisons à la fois une explication claire pour le grand public et un résumé technique détaillé, rendant ces recherches de pointe accessibles à tous sans sacrifier la rigueur scientifique.

Vous trouverez ci-dessous les dernières publications sélectionnées, prêtes à être découvertes et comprises.

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ChatGEM: An Agentic Architecture Enabling Interactive Simulation of Genome-Scale Metabolic Models

Cet article présente ChatGEM, une plateforme agentique qui exploite le langage naturel et la génération augmentée par récupération pour démocratiser la modélisation métabolique à l'échelle du génome, permettant ainsi aux chercheurs sans expertise computationnelle d'effectuer des simulations complexes et d'identifier avec succès des souches microbiennes optimales pour la bioproduction.

Chowdhury, N., George, A., Purohit, S., Contolesi, A., Bredeweg, E. L., Czajka, J., Stratton, K. G., Gao, Y., Stephenson (…)2026-07-21
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Gene Regulatory Networks that support Multi-Fate Cellular Decisions

Cette étude identifie des architectures spécifiques de réseaux de régulation génique, incluant des structures complètement déconnectées et celles présentant une auto-activation ou une inhibition universelle, qui sont théoriquement capables de soutenir des décisions cellulaires multi-destinées grâce à la stabilité simultanée de tous les états hauts uniques.

BV, H., Adigwe, S., Jolly, M. K., Gedeon, T.2026-07-15
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Kinome-wide CRISPR/Cas9-knockout screening reveals critical protein kinases in vasopressin V2-receptor signaling

Cette étude emploie un criblage par inactivation par CRISPR/Cas9 à l'échelle du kinome dans un modèle de signalisation du récepteur de la vasopressine V2 pour identifier les régulateurs protéiques kinases positifs et négatifs critiques, révélant des acteurs connus tels que la PKA et des facteurs nouveaux tels que Dyrk1a et Stk11/LKB1 qui modulent l'expression d'AQP2 via des mécanismes distincts impliquant la différenciation cellulaire et la régulation des protéines CRTC.

Park, E., Chen, L., Raghuram, V., Khan, S., Murillo-de-Ozores, A. R., Chou, C.-L., Yang, C.-R., Knepper, M. A.2026-07-10
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Overinflation and overconcentration: why Cauchy perturbation kernels are the right choice for ABC-SMC

Cet article démontre que l'échec des noyaux de perturbation normaux standards dans l'ABC-SMC de haute dimension est causé par la combinaison d'une inflation de covariance induite par les statistiques résumées et d'une surconcentration de la taille du pas pilotée par la dimension, et propose le noyau de Cauchy comme alternative par défaut robuste qui maintient des taux d'acceptation positifs et améliore significativement la précision de l'approximation de la distribution postérieure quelle que soit la dimension.

Sturrock, M., Shahrezaei, V.2026-07-09
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Curating MitoCore: A Standardized Small-Scale Human Metabolic Model as Platform for Proteomics Integration and Disease Modeling

Cet article présente une mise à jour systématiquement organisée et standardisée du modèle métabolique humain MitoCore, laquelle améliore considérablement la qualité de son annotation et sa compatibilité avec la modélisation contrainte par les protéines, améliorant ainsi la précision des prédictions métaboliques liées aux maladies et établissant un cadre pour de futures mises à jour automatisées.

Lange, E., Santamaria, A. B. R., Heyer, R.2026-07-09
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Multi-layered regulatory networks driving human dopaminergic neuron differentiation

En intégrant le profilage multi-omique à la cartographie des interactions enhancer-promoteur dans le modèle LUHMES, cette étude élucide les réseaux de régulation coordonnés pilotant la différenciation des neurones dopaminergiques humains, identifiant des facteurs de transcription clés tels que MYT1, ISL2 et NHLH2 comme des moteurs de maturation cruciaux et LCOR comme un régulateur négatif.

Malaymar Pinar, D., Jing, Y., Li, H., Liu, X., Coschiera, A., Kere, J., Yoshihara, M., Swoboda, P., Sahlen, P., Varjosal (…)2026-07-09
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Identifying Novel Targets of the Stringent Response in Plants and Cyanobacteria using chemoproteomics

Cette étude emploie la chimioproteomique pour identifier de nouvelles cibles de liaison du ppGpp chez les plantes et les cyanobactéries, révélant des mécanismes de régulation distincts tels que l'inhibition du métabolisme des pyrimidines dans les chloroplastes et l'activation de la synthèse du glycogène et de l'agrégation des carboxysomes chez les cyanobactéries, élargissant ainsi notre compréhension de la manière dont les organismes photosynthétiques s'adaptent au stress environnemental.

Karlsson, A., Rillema, R., Sporre, E., Englund, E., Vogiatzi, N., Llavina Ramirez, J., Gurdap, C. O., Sezgin, E., Edfors (…)2026-07-09
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Representation Learning of Human Diseases for Indication Expansion and Investment Decisions

L'article présente Dis2Vec, un cadre d'apprentissage de représentations qui génère des plongements de maladies biologiquement fondés à partir de données génétiques et phénotypiques afin de permettre le repositionnement systématique des connaissances, d'améliorer les prédictions de transférabilité thérapeutique pour les décisions d'investissement et de faciliter le partitionnement non supervisé des maladies rares et non rares.

Ravandi, C. B., Mowrey, W., Chatterjee, A., Khanshan, F., Haddadi, P., Ughetto, M., Barrett, I., Ding, W., Guillermo, D. (…)2026-07-07
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The molecular triggers of human labour: a longitudinal plasma proteomics study

Cette étude longitudinale de protéomique plasmatique identifie une cascade séquentielle de cinq protéines reproductible, menée par l'axe IL-33/ST2 et culminant par les protéines contractiles du myomètre, qui sert de déclencheur moléculaire pour le début spontané du travail chez l'humain.

Nastou, K., Scheller, N. M., Tiberti, M., Tolver, A., Rasmussen, M.-L. H., Papaleo, E., Quake, S., Boyd, H. A., Melbye (…)2026-07-07